研究兴趣
有机-无机相互作用与有机质生烃机理及油气资源评价：泥页岩中有机质赋存多样性，不同赋存态有机质演化的差异性，有机-无机相互作用与有机质生烃和排烃机理，油气资源评价新方法探索；
有机质与细颗粒沉积学：细颗粒沉积特征与有机质源汇特征，有机质和细颗粒沉积过程与机制和影响因素，有机质保存方式和稳定性与碳循环；
页岩油气赋存与成藏机理：泥页岩孔隙和比表面的表征与特征，页岩不同赋存态油气的分离与特征，页岩油气赋存特征与机理，页岩油气成藏过程与成藏机理，页岩油气勘探与开发对策研究；
有机质─矿物的表-界面作用与矿物的形成和演化：黏土矿物与泥页岩固体酸检测与特征，泥页岩有机酸检测与特征，有机质对蒙脱石伊利石化和绿泥石化的影响，有机质演化与无机矿物的形成。
科研项目
济阳坳陷古近系烃源岩有机-无机协同演化及其资源潜力评价(2016ZX05006001-003)，2016.1-2018.12, 国家‘十三五’油气专项攻关项目，396.84万元，蔡进功；
东营凹陷不同类型泥页岩烃赋存特征差异研究（P15117），中国石油化工股份有限公司科技攻关项目，2015.1-2017.12，300万元，蔡进功；
泥页岩中有机质的存在对蒙脱石伊利石化进程影响的研究（41672115），国家自然科学基金面上项目，2017.1-2020.12， 88万元，蔡进功；
泥页岩中不同赋存态烃的分离及特征研究(41372130)，国家自然科学基金面上项目，2014.1-2017.12，75万元，蔡进功；
东海沉积物各类型有机质的来源与保存机制研究（MG20170201），海洋地质国家重点实验室（同济大学）项目， 2017.1-2018.12，40万元，蔡进功；
长江坳陷油气资源潜力评价----烃源岩与资源潜力评价(ZX05027001-008)，国家‘十三五’油气专项攻关项目，2016.1-2018.12, 40万元，蔡进功。
研究成果
论文：
Yingli Li, Jingong Cai*, Xuejun Wang, Yunqing Hao, Qing Liu. Smectite-illitization difference of source rocks developed in saline and fresh water environments and its influence on hydrocarbon generation: A study from the Shahejie Formation, Dongying Depression, China. Marine and Petroleum Geology，2017 (80)：349-357.
曾 翔，蔡进功*，董 哲，王学军，郝运轻。泥页岩沉积特征与生烃能力———以东营凹陷沙河街组三段中亚段—沙河街组四段上亚段为例。石油学报，2017,38（1）：31-43.
巢前，蔡进功*，周祺盛，刘伟新，张彩明，蒋启贵。东营凹陷沙河街组Es3/Es4烃源岩热解特征及生烃差异研究。高校地质学报，2017,23（4）：688-696.
朱晓军，蔡进功，徐蒙，刘惠民，谢忠怀，李政。沾化凹陷沙三下亚段成熟泥页岩纳米孔隙体积影响因素分析及意义。高校地质学报，2017,23（4）：697-705.
耿斌，蔡进功，王端平，闫建平，周德志，程紫燕，邴绍献。疏松砂岩稠油层油水赋存特征及识别--以济阳坳陷沾化凹陷馆下段稠油油藏为例。中国矿业大学学报，2017,46（5）：943-950.
Yingli Li, Jingong Cai⁎, Mingshui Song, Junfeng Ji, and Yujin Bao. Influence of organic matter on smectite illitization: A comparison between red and dark mudstones from the Dongying Depression, China. American Mineralogist, 2016 （101）:134–145.
Xiaojun Zhu，Jingong Cai⁎, Weixin Liu, Xiancai Lu. Occurrence of stable andmobile organicmatter in the clay-sized fraction of shale: Significance for petroleum geology and carbon cycle. International Journal of Coal Geology， 2016 (160–161) ：1–10.
郭敏，蔡进功⁎，蒋启贵，丁飞。烃源岩与＜２μｍ黏粒级组分的热解—色谱特征对比及其意义。天然气地球科学，2016,27（4）：688-698.
Xiaojun Zhu , Jingong Cai⁎, Guoqi Song, Junfeng Ji. Factors influencing the specific surface areas of argillaceous source rocks. Applied Clay Science ，2015(109–110) ：83–94.
Yingli Li , Jingong Cai⁎, Guoqi Song , Junfeng Ji. DRIFT spectroscopic study of diagenetic organic–clay interactions in argillaceous source rocks. Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy，2015 (148)：138–145.
专著：
张永刚，蔡进功，许卫平，王国力，宋明水，卢龙飞等编著，2007。泥质烃源岩中有机质富集机制。北京：石油工业出版社。
王行信，王国力，蔡进功，包于进编著，2006。有机粘土复合体与油气生成。北京：石油工业出版社。
蔡进功著，2004。泥质沉积物和泥岩中的有机粘土复合体。北京：科学出版社出版。
蔡进功撰写，2004。陆相断陷盆地沉积体系与油气分布。北京：地质出版社出版。
王德坪，蔡进功，郑和荣编译，1992。沉积盆地分析译文集。北京：中国地质大学出版社。
专利：
泥质烃源岩黏粒级中不同赋存态饱和烃和芳香烃分离方法，专利号：ZL 2013 1 0570954.1, 专利发明人：王永诗，蔡进功，王学军，丁飞，雷天柱，刘惠民，徐兴友，张守鹏，谢忠怀，张学军，刘庆等。
教学情况
主讲课程：
《石油与天然气地质学》(本科生)
《有机质沉积学》《高等石油与天然气地质学》(硕士研究生)
《石油与天然气地质学进展》《层序地层学》(博士研究生)
指导研究生
在读研究生：
硕士：杜佳宗，何蓓，巢前，刘菲，李塬丰，袁灵聪。
博士：曾翔，耿斌（在职），何晋译，韦海伦，都鹏燕，李旭。
已毕业研究生：
硕士：隋鲁宁，徐冠华，叶文青，冯晓萍，朱晓军，郭敏，徐蒙，郑仰帝，张晶巧，赵悦，董哲，周祺盛，谢奥博，陈泽文，李旭。
博士：卢龙飞，闫建平，樊馥，刘峰，丁飞，李颖莉，朱晓军。